每一種機器在使用過程都是要嚴格按照它的操作流程來進行的，這不僅是多機器的維護，使得它的使用壽命可以延長，更是對操作工人的安全保護。那我們使用堆垛機在工作前所要注意的一點就是要嚴格按照它的使用說明來操作，并且對堆垛機的注意事項要非常的熟悉，這樣才能在工作過程中避免很多不必要的問題。

使用堆垛機的貨架系統應按貨架的列、層、行編號，以便自動進出倉庫到指定位置，也便于使用電子計算機進行倉庫管理。事實上，更新的大型立體自動化倉庫大多采用電子計算機進行倉庫管理。但為了節省設備投資，大部分小型自動化倉庫仍采用手動控制和半自動控制。

手動控制是司機在堆垛機司機臺上查看貨位號，操作操縱桿或按鈕，完成行走、起升、叉進出。在堆垛機司機臺上，司機按下所需槽位號的按鈕，起重機自動完成行走、起升、停在指定槽位號的各種動作。貨叉進出的運動由手動操縱桿或按鈕控制。大部分返回動作都是按返回鍵自動返回原位。

堆垛機的自動控制，這是一種無人操作的形式，控制面板安裝在起重機外面，按鈕或打孔卡作為指令。因此，只要按下啟動按鈕，遙控堆垛機就可以自動進出倉庫。近來，使用磁芯存儲器等存儲設備來存儲每個項目編號的庫存數量或品種，并進行庫存管理。電腦控制，設置地面控制面板，直接與電子計算機相連，將出入庫指令輸入電子計算機進行集中控制。電子計算機發出的傳入和傳出指令存儲在地面控制面板上的前盒計算器中。在圖書館管理中實現品種、次數等計算。在大型立體自動化倉庫中，經常使用這種管理方式。在已經建成的小型貨架倉庫中，也有一些小型電子計算機進行倉庫管理。